Ensimmäiset merkit vanjärveläisestä asutuksesta ovat kivikaudelta, Litorinameren rantakallioilta. Läheltä Vanjärven kartanoa, Vanjoen molemmin puolin, on löydetty seitsemän kiinteää muinaisjäännöstä.
Historiallisena aikana Vanjärvi oli vuosisatoja kartanokylä. 1500-luvulla kartanonmäellä sijaitsi viitisen torppaa, 1800-luvulla kylässä oli torppia jo yli kaksikymmentä. Kartanomiljöö on säilynyt keskellä kylää. Laamanni Adolf Linderin rakennuttaman uusklassisen päärakennuksen on suunnitellut arkkitehti Carlo Bassi vuonna 1807. Metsänrajassa kartanon pohjoispuolella kohoaa kaksi harmaakivistä rakennusta, talli ja viljamakasiini. Säilynyt on lisäksi mm. työväen asuintaloja, sauna, aitta ja tiilinen navetta.
Kartanon omisti pitkään (1729-1923) kuuluisa Linderin suku. Kamariherra Hjalmar Linder oli varatuomari ja suurmaanomistaja, joka tunnetaan Etelä-Suomen teollistajana, humaanina työnantajana ja avokätisenä hauskanpitäjänä. Omistipa hän Suomen ensimmäiseksi uumoillun autonkin, Mercedes Simplexin vuosimallia 1902. Vanjärvellä hän jäi historiaan perustettuaan kansakoulun vuonna 1902 järven pohjoispuoliselle mäelle.
Kokonaan uusi aika Vanjärvelle koitti sotien jälkeen, kun Karjalasta evakuoitua väestöä asutettiin kylään. Tuolloin Kymi-yhtiön omistamista kartanon maista muodostettiin noin 80 asutustilaa. Asutettu väestö tuli Heinjoelta ja Viipurin maalaiskunnasta. Kyseessä oli Suomen suurimpia yhtenäisiä asutuskyliä, ja siksi Vanjärvi on saanut lempinimen ”Suomen karjalaisin kylä”. Karjalaisuudesta on tullut pysyvästi merkittävä osa kylän olemusta ja identiteettiä.
Pienen kylän saatua kertaheitolla valtavasti uusia asukkaita uusi koulu tuli tarpeeseen. Tiilinen koulu keskellä kylää vihittiin käyttöön 6.12.1952. Koulu oli niin moderni, että siihen kävi tutustumassa ulkomaalaisia arvovieraita. Opettajilla oli oma asuntolansa pihapiirissä – rivitalossa, jossa päiväkoti nykyisin toimii – ja koulua ympäröi upea puutarha. Vanjärven koulu valittiinkin 1970-luvulla Suomen kauneimmaksi.
Maaseudun rakennemuutos näkyi tietysti Vanjärvelläkin. Maataloustyötä ei koneistumisen vuoksi riittänyt entiseen tapaan, oli etsiydyttävä muihin töihin. Viimeistään EU:hun siirtymisen myötä useimmat pientilalliset luopuivat karjasta. Uudempi kehitys täällä metropolimaaseudulla näyttää kuitenkin hyvin toisenlaiselta kuin ”syvemmällä” Suomessa. Maaseutukylä kouluineen ja päiväkoteineen lähellä pääkaupunkia houkuttaa asuinpaikkana, ja väkimäärä lisääntyy.